기업부설연구소 인정 취소 – 유형 및 예방 가이드

기업부설연구소를 설립하더라도 연구개발활동이 지속적으로 이루어지지 않으면 언제든 인정 취소될 수 있습니다. 기업부설연구소의 인정 취소 유형은 크게 3가지로 구분됩니다.
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Mar 07, 2025
기업부설연구소 인정 취소 – 유형 및 예방 가이드

📌 기업부설연구소, 인정 취소될 수 있다는 사실을 알고 계시나요?

기업부설연구소를 설립하더라도 연구개발활동이 지속적으로 이루어지지 않으면 언제든 인정 취소될 수 있습니다.

기업부설연구소의 인정 취소 유형은 크게 3가지로 구분됩니다.


🚨 기업부설연구소 인정 취소 유형

1. 자진 취소

기업이 자체적으로 판단하여 더 이상 연구소를 운영하기 어려운 경우, 자발적으로 연구소 폐지를 신청할 수 있습니다.

2. 직권 취소

직권 취소는 자진 취소와 같은 요건이지만, 한국산업기술진흥협회(KOITA)에서 연구개발활동이 없음을 확인하여 인정 취소를 결정하는 경우입니다.

📌 직권 취소가 될 경우 신규 연구소 설립이 제한될 수 있으므로 주의해야 합니다.

3. 허위 취소

허위 취소는 허위 또는 부정한 방법으로 기업부설연구소 인정을 받은 사실이 밝혀지거나, 변경 신고 의무를 이행하지 않은 경우 발생합니다.

📌 이 경우 1년간 신규 연구소 설립이 제한됩니다.


💰 연구개발비 세액공제의 핵심 요건 – 연구노트 작성이 필수

💡

기업이 기업부설연구소를 설립하는 주요 이유 중 하나는 연구개발비 세액공제 혜택 때문입니다. 하지만 단순히 연구소를 설립한다고 해서 세액공제를 받을 수 있는 것은 아닙니다.

연구개발비 세액공제를 받기 위한 필수 조건

  • 연구개발계획서 및 연구노트를 과세연도 종료 후 최소 5년간 보관해야 합니다.

  • 국세청 세무조사 및 사후 검증 시, 연구개발활동이 실제로 이루어졌음을 입증해야 합니다.

  • 연구노트를 체계적으로 작성 및 관리해야 합니다. 연구노트는 연구의 진행 과정과 결과를 증빙하는 중요한 자료입니다.

📌 2020년 1월부터 법 개정을 통해 사후관리 규정이 더욱 강화되었으므로, 연구노트 및 연구개발계획서를 철저히 관리하는 것이 필수적입니다.
참고 ▶ 국세청(연구인력개발비 세액공제 사전 심사제도)


⚠ 기업부설연구소 인정 취소 시 발생하는 불이익

기업부설연구소의 운영 상태가 적절하지 않다고 판단되면 국세청에서 그동안 공제받은 세액을 추징하고, 가산세까지 부과할 수 있습니다.

취소 유형에 따른 연구소 설립 제한

  • 허위 취소: 1년간 신규 연구소 설립 제한

  • 직권 취소: 신규 연구소 설립 제한 가능

  • 자진 취소: 연구소 재설립 가능하지만, 세액공제 이력이 검토될 수 있음

🔹 실제 연구소 취소 사례 매월 100~200개의 기업이 연구소 인정 취소를 받고 있습니다. 이는 연구개발활동 부족, 연구노트 관리 미흡, 변경신고 누락 등의 이유 때문입니다.

뉴스기사 ▶ 이투데이 “R&D 가장한 ‘탈세’…간판만 ‘기업부설연구소’ 2006곳 퇴출(2024-06-19)


✅ 기업부설연구소 운영을 지속하기 위한 관리 체크리스트

  • 연구개발활동을 지속적으로 수행하고 이를 연구노트에 기록할 것

  • 연구개발계획서 및 연구노트를 최소 5년간 보관할 것

  • 연구소 운영에 변경사항(연구인력, 소재지 등)이 발생하면 즉시 변경 신고할 것

  • 매년 4월 연구개발활동조사를 성실히 제출할 것

📢 기업부설연구소 인정 취소를 방지하고, 연구개발비 세액공제 혜택을 유지하기 위해서는 체계적인 연구소 관리가 필수적입니다. 연구노트를 철저히 기록하고, 연구소 운영을 지속적으로 유지하세요!

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