기업부설 연구소 부실 운영, 설립보다 설립 후가 더 중요한 이유

💡 세 줄 요약

• 기업부설연구소 & 연구개발전담부서는 세액공제를 받을 수 있기 때문에 빠르게 설립하는 것이 유리합니다.

• 기업부설연구소 설립은 생각보다 간단합니다. (요건을 갖추면 온라인 신고로 하루 만에도 완료 가능!)

• 기업부설연구소 유지도 어렵지 않습니다. (주기적인 변경 신고 및 연구활동을 성실히 수행한다면요!)

1. 연구·인력개발비 세액공제 제도

① 기업들이 기업부설연구소를 설립하는 이유

많은 기업이 기업부설연구소를 설립하는 가장 큰 이유는 세액공제 혜택 때문입니다.

국가는 중소기업의 연구개발을 장려하기 위해 다양한 세제 지원 정책을 운영하고 있으며, 기업부설연구소 및 연구개발전담부서를 운영하는 기업만이 해당 혜택을 받을 수 있습니다.

② 기업부설연구소 운영 시 받을 수 있는 세액공제 혜택

③ 모든 연구개발비가 세액공제 대상일까요?

아닙니다! 회계상 연구개발비는 연구요원의 인건비, 연구용 재료비, 연구장비 렌탈비용, 연구장비의 감가상각비, 연구요원의 식대, 출장비, 숙박비 등 다양한 연구개발활동과 직접 관련이 있는 모든 비용을 말하며 그 중 크게는 아래 세 가지 항목에서만 25%의 공제가 적용됩니다.

• 연구요원 인건비

  • 연구전담요원, 연구보조원만 가능

  • 연구관리직원(연구행정요원)은 포함되지 않습니다.

• 연구용 재료비 (부품, 원재료, 외주가공비)

• 연구장비 렌탈 비용

예를 들어, 기업부설연구소에 등록된 연구원 4명의 연봉이 각 4,000만 원이라면 총 1억 6천만 원 중 4천만 원이 세액공제 대상이 되므로, 기업 입장에서는 큰 비용 절감 효과를 얻을 수 있습니다.

📌 회사가 적자인 경우에도 기업부설연구소를 운영하면 세액공제를 이월하여 미래의 법인세에서 차감할 수 있습니다.

2. 기업부설연구소 인정제도

① 기업부설연구소는 어떻게 설립할 수 있을까요?

기업부설연구소 설립은 한국산업기술진흥협회에서 수행하고 있으며, 영리활동을 목적으로 하는 회사들은 모두 기업부설연구소를 설립할 수 있습니다. 협회에서 제시하는 요건들만 갖추면 설립이 가능합니다.

📌 기업부설연구소 신청: 👉 KOITA 기업부설연구소 온라인 신청
(연구개발활동개요서, 연구기자재현황, 연구개발인력현황 등을 작성 후 신고)

② 기업부설연구소 설립 요건

다음 3가지 요건을 충족해야 기업부설연구소 설립이 가능합니다.

연구개발 활동 요건

• 기업이 과학 기술 분야 (제조업) 또는 서비스 분야 (IT 등)에 해당되어야 합니다.

• 연구를 전담으로 하는 연구전담요원이 있어야 합니다.

• 이 때 시장 조사, 판촉 활동 (마케팅, 영업), 품질 시험, 경영 등의 인력은 연구 활동을 집중적으로 하는 인원이 아니기 때문에 인적 요건을 갖추어도, 연구원으로 등록할 수 없습니다.

• 연구소를 설립할 주소지가 있어야 합니다. (2개 이상의 주소지도 가능합니다.)

인적 요건

• 연구소 운영을 위해서는 아래의 신고 요건을 갖춘 인원이 필요합니다.

  

• 다만 소기업의 경우 창업일로 3년까지는 연구전담요원 자격이 있다면 대표도 겸직이 가능합니다. 다만 대표님은 세액 공제를 받을 수 없습니다. 또한 연구원으로 등록된 인원 외에 다른 업무를 볼 인원이 최소 1명 이상 회사에 배치되어 있어야 합니다.

• 연구전담요원이나 연구 보조원이나 세액 공제에서는 차이가 없습니다.

• 연구전담요원은 아래 자격을 갖추어야 합니다.

  

• 연구전담요원이 될 수 없는 자격은 다음과 같습니다.

  • 우리 회사 인원이 아닌 자

  • 주간으로 석사 이상의 학위 취득 과정에 수학 중인 일반 대학원생 (야간 가능)

  • 육아 휴직, 해외 사무소 등으로 6개월 이상 연구 개발 활동을 수행할 수 없는 자

  • 대표이사, 감사 등 업무 영역이 명확한 자 (단, 소기업에서 3년 미만으로 대표가 가능합니다.)

💡 TIP) 기업부설연구소 VS 연구전담개발부서의 차이는 무엇일까요?
조세, 자금, 병역 특례의 지원에서 일부 차이가 있습니다.
연구 전담 개발 부서는 1명의 인원으로도 운영 가능합니다.

물적 요건

• 연구 공간은 고정 벽체와 별도의 출입문으로 다른 부서와 독립적인 공간을 확보해야 합니다.

  • 건물 자체 혹은 가정용 빌라 등에서는 기업부설연구소를 설립할 수 없습니다.

  • 중소기업 등의 기업부설연구소 또는 연구전담개발부서로서 50 제곱미터 이하인 연구공간인 경우에는 파티션 등으로 다른 부서와 구분할 수 있어야 하고, 명패를 달아 분리해 주면 됩니다.

    

3. 기업부설연구소 사후관리

연구개발활동조사

• 매년 4월에 조사가 이루어지는데, 이 때 연구개발활동조사표를 제출해 주셔야 합니다.

• 미제출 시에는 연구소 인정이 취소될 수도 있으니, 성실하게 임하시는 것이 좋습니다!

상시 현지 확인

• 협회에서는 연구소 및 전담부서의 연구개발활동 수행여부 및 인정요건 구비 여부를 확인하기 위해서 상시 현지확인을 실시합니다. 사전통지를 하기도 하고 불시에 방문할 수도 있습니다.

  • 휴폐업 여부나, 인정요건 확보여부 확인

  • 주기적인 변경 신고

  • 연구활동 지속여부 (실적이 없거나 미시행 기업)

  • 기타 신고내역 (신규/변경)에 대한 사실 확인

사후 관리

• 신고된 내용처럼 실제 운영이 되고 있는지에 대한 사후관리를 진행하며, 사후관리 관련 문서나 확인 요구 시 언제든지 제출할 수 있어야 합니다.

  • 설립 및 변경신고 서류 사본

  • 연구전담요원 자격증명 서류 및 인사발령 서류

  • 연구개발활동을 수행하고 있음을 증명할 수 있는 문서 (연구노트, 사업 계획서, 결과 보고서)

결과에 따른 시정 조치

• 현지 확인 결과에 따라서 아래와 같은 이슈가 있다면 조치를 취해주셔야 합니다.

• 미제출 시에는 연구소 인정이 취소될 수도 있으니, 성실하게 임하시는 것이 좋습니다!

• 적절한 운영 및 조치가 취해지지 않는다면 기업부설연구소 및 부서는 취소될 수도 있습니다.

  • 실제 연구개발 활동을 진행하지 않는 경우

  • 거짓 또는 부정한 방법으로 인정을 받거나 변경 신고한 경우

  • 기업이 직접 인정 취소를 요청한 경우

  • 기업이 폐업하거나 폐쇄 사실이 확인된 경우

  • 보완을 명했으나 보완을 1년 내에 하지 않은 경우

  • 기업부설연구소 근무자가 연구 개발 활동 외 생산, 영업, 판매 등 기업 활동과 다른 업무를 겸한 경우

  • 가건물, 주거용 건물 등에 연구소가 설립된 경우

총정리: 기업부설연구소, 빠르게 설립하고 제대로 운영하자!

• 기업부설연구소는 중소기업이 받을 수 있는 가장 큰 혜택 중 하나입니다.

• 설립 절차는 어렵지 않지만, 설립 후 철저한 연구개발 활동과 운영 관리가 필수적입니다.

• 연구노트 및 연구개발 증빙이 중요하므로, 체계적인 관리가 필요합니다.

• 연구개발활동조사 및 변경 신고를 성실히 진행해야 기업부설연구소를 안정적으로 운영할 수 있습니다.